Изабелла Байвотер создает декорации и костюмы для оперных и драматических постановок. Она оформляла спектакли «Сон в летнюю ночь» в Мариинском театре (удостоенный премии «Золотой софит» и 7 номинаций на премию «Золотая маска»), «Фальстаф» и «Кавалер розы» (Новый национальный театр Токио), «Евгений Онегин» (оперные театры Санта-Фе и Сиэтла), «Набукко», «Похищение из сераля» и «Милосердие Тита» (Цюрихский оперный театр), «Пуритане» (Баварская государственная опера), «Сельская честь», «Паяцы» и «Средство Макропулоса» (Королевская опера Стокгольма), «Любовный напиток» и «Богема» (Английская национальная опера, Лондон), «Дон Паскуале» (фестиваль «Флорентийский музыкальный май», Королевский театр Ковент-Гарден, Театро Реал и оперный театр Валенсии), «Травиата» и «Енуфа» (Глиммерглас-опера, США), «Травиата» (Нью-Йоркская городская опера и оперный театр Ванкувера) и «Аида» (Альберт-холл, Лондон).
В течение долгого времени сотрудничала с Джонатаном Миллером, а также участвовала в постановках других известных режиссеров: «Поворот винта» Роберта Карсена, «Летучий голландец» Кейт Уорнер, «Король Артур» Франциско Негрина. Оформляла оперные спектакли Стивена Медкальфа «Дуэнья», «Снегурочка», «Мадам Баттерфлай», «Фигаро», «Непредвиденная встреча», «Мнимая садовница», «Король-пастух», «Аэций», «Любовный напиток», «Похищение из сераля» и «Спинальба».
Среди драматических спектаклей, над которыми работала Изабелла Байвотер, – удостоенный многочисленных премий и наград «Тит Андроник» (Королевская шекспировская труппа, режиссер Дебора Уорнер), «Сон в летнюю ночь», «Буря», «Двенадцатая ночь», «Ветер в ивах», «Кукольный дом», «Все мои сыновья», «Школа жен», «Джек и бобовый стебель», «О мышах и людях», «Гедда Габлер», «Вишневый сад» и «Три сестры» и «Рутерфорд и сын».
В числе недавних проектов Изабеллы Байвотер – работа в качестве режиссера и художника-постановщика над постановками «Фауста» Гуно в Мариинском театре (2013), «Лючии ди Ламмермур» в Датской национальной опере (2014) и «Богемы» в оперном театре Сан-Диего (2015).