Екатерина Малая родилась в Перми. Окончила Пермский государственный институт искусства и культуры (кафедра режиссуры драматического театра, мастерская Виктора Ильева) и Санкт-Петербургскую государственную консерваторию им. Н. А. Римского-Корсакова (кафедра режиссуры музыкального театра, мастерская Станислава Гаудасинского).
В 2006–2012 годах была режиссером Пермского академического театра оперы и балета им. П. И. Чайковского, где поставила «Приключения в оперной стране» Марка Минкова, «Ноев ковчег» Бриттена, театрализованные концерты и торжественные вечера закрытия международного Дягилевского фестиваля, а также осуществила проект «Дети на оперной сцене» с участием 200 школьников разных возрастов в полноценном спектакле «Князь Игорь». Режиссер массовых сцен и ассистент режиссера-постановщика (Майкла Ханта, Великобритания) в международной команде создателей спектакля по опере Бетховена «Фиделио» в музее ГУЛАГа «Пермь-36» (2010).
Поставила оперу «Кармен» в Эрмитажном театре (2015) и спектакль по пьесе Тирсо де Молины «Ревнивая к себе самой» в Санкт-Петербургской консерватории (2016).
С 2017 года – режиссер-ассистент Мариинского театра. В этом качестве участвовала в создании оперных спектаклей «Бенвенуто Челлини» (капитальное возобновление постановки 2007 года) и «Директор театра» (2017), «Царская невеста» и «Лючия ди Ламмермур» (2018), «Снегурочка» (2020), «Ночь перед Рождеством» (новая сценическая версия постановки 2008 года), «Орлеанская дева» и «Тангейзер» (2021), балетного спектакля «Двенадцать» (2022); режиссер-ассистент оперного спектакля «Садко».
Срежиссировала целый ряд мариинских концертов, в том числе «Мирную музыку военного времени» и «Новогоднее настроение» (2018), рождественский концерт Страдивари-ансамбля и концерт «Дочь короля Рене» (2019), венский бал со Страдивари-ансамблем и концерт «Романсы Чайковского» (2020), юбилейный концерт Анны Нетребко (2021), гала звезд оперы и балета и концерт «Рыцари бельканто» (2023).
Поставила «Сказку о царе Салтане» (Приморская сцена, 2021), «Итальянку в Алжире» и «Волшебную флейту» (2022), полусценическую версию «Ночи перед Рождеством» (выступления мариинской труппы в Концертном зале им. П. И. Чайковского в 2021 году и в Вятской филармонии (Киров) в 2022-м), «Золушку» Россини: сначала в полусценическом исполнении (2022), затем в виде полноформатного спектакля (2024).