Марк Джонатан оформлял балеты «Сильфида», «Спящая красавица», «Сказки Беатрис Поттер», «Сильвия» и «Золушка» для Лондонского Королевского балета; «Алладин», «Сирано», «Спящая красавица», «Сильвия», «Вдали от безумной толпы», «Жизель», «Покров Пресвятой Богородицы», «Красавица и чудовище», «Пудра», «Данте-соната» и «Энигма-вариации» для Королевского балета Бирмингема; «Щелкунчик» для Балета Капитолия в Тулузе; «Алладин» и «Сильвия» для Японского национального балета, а также спектакли Балета Хьюстона, Северного балета, Шотландского балета, Берлинского государственного балета и Штутгартского балета.
В оперном портфолио Джонатана – спектакли Оперы Лос-Анджелеса (постановки Уильяма Фридкина, Вуди Аллена и Джона Шлезингера), Вашингтонской национальной оперы, а также спектакли многочисленных оперных трупп Европы, в числе которых «Клетка» и «Саломея» в Мюнхене, «Художник Матис», «Сказки Гофмана» и «Поругание Лукреции» в театре Ан-дер-Вин, «Дело Макропулоса» во Флоренции и другие постановки в Германии, Бельгии, Франции, Финляндии и Израиле. В Великобритании он работал в Глайндборнской опере и Шотландской опере. Недавно за освещение к спектаклю «Лулу» в Национальной опере Уэльса Джонатан был номинирован на премию за лучшее освещение оперного спектакля.
Кроме того, в Великобритании Марк Джонатан оформлял драматические спектакли и мюзиклы Национального театра (где заведовал отделом сценического освещения с 1993-го по 2003 год), Королевского Шекспировского театра и театров лондонского Вест-Энда, в том числе постановку «Беспечное настроение», которая идет до сих пор. В Нью-Йорке Ассоциация театральных критиков выдвинула его на премию «Лучшее световое оформление» за спектакль «Прометей прикованный».